По географическому положению, особенностям климата и рельефа, по сочетанию высотных поясов территорию Таджикистана можно разделить на следующие природные области.
Юго-западный Тянь-Шань. К нему относятся горы Карамазора и Кураминский хребет. По характеру рельефа и климата область сильно отличается от остальной предгорной части Ферганского Таджикистана. Здесь господствует среднегорный и высокогорный сильно расчлененный рельеф со слабыми следами древнего оледенения.
Примерно до высоты 3000 м склоны Кураминского хребта покрыты лесостепной растительностью. Северо-восток его в пределах республики постепенно приобретает черты высокогорья, то есть имеет субальпийский характер, где пики горных вершин чередуются с белыми пятнами снежников.
Запад Ферганской впадины. Он занимает суженный отрезок Ферганской впадины, примыкающие к ней предгорные равнины, а также адыры Кураминского и Туркестанского хребтов. Многоярусные предгорные равнины здесь чередуются с холмистыми (адырными) предгорьями и частично низкогорьями. До некоторой степени затрудненный доступ влажных и холодных ветров предопределил общую сухость воздуха, но более мягкую зиму по сравнению с лежащими к западу пустынными равнинами. Количество выпадающих осадков ничтожно. На равнине местность носит пустынный или полупустынный характер. В предгорьях развиты ландшафты степей.
Центр Гиссаро-Алая. Эта область лежит в центре республики, между Ферганской впадиной и Южно-Таджикской депрессией. Рельеф области представляет собой чередование высоких хребтов и глубоких узких межгорных долин. В вытянутых долинах, например в Зеравшанской, осадки уменьшаются с запада на восток. Летом в долинах жарко и сухо, а на хребтах прохладно. Зимой контраст температур менее значительный.
Растительность в большой степени зависит от распределения осадков и экспозиции склонов. В средних ярусах гор преобладают редкие арчевые леса, а в нижних - широколиственные леса, в которых произрастают клен, грекий орех.
Юго-запад Южно-Таджикской депрессии. Он охватывает территорию к югу от центральной части Гиссаро-Алая и к западу от Памира. Низкие хребты и гряды чередуются здесь с межгорными и предгорными впадинами. У природы области много общего с природой Ферганской впадины. Но есть и отличия. Здесь лето длиннее и теплее зима, а в ландшафте господствуют глинистые полупустыни и горные степи.
Северо-восток Южно-Таджикской депрессии. К нему относится полоса, лежащая вдоль долины верхнего Вахша, Сурхоба, Кызылсу, и район хребта Хазратишох. В отличие от юго-западного Таджикистана горы здесь вплотную подступают к долинам, а равнины встречаются как исключения. Большая часть территории представляет собой низкогорье и среднегорье. У климата свои особенности: летние и зимние температуры тут на 5-10 град. ниже, чем на юго-западе республик. Из-за большой приподнятости территории (самая нижняя точка в долине Вахша лежит на высоте более 1000 м) у подножия гор развиты не полупустынные, а степные ландшафты, на склонах - лесостепь, редкие арчевые леса, степи и субальпийские луга.
Памир. Эта обширная область лежит на юго-востоке Таджикистана. Горы здесь тянутся несколькими узкими дугами преимущественно в широтном направлении. Распределение влаги предопределяет характер ландшафтов.
Сухость климата, характерная для большей части области, особенно типична для Восточного Памира.
По рельефу Западный Памир резко отличен от Восточного Памира и напоминает Гиссаро-Алай. Для восточной части области характерны высокогорные пустынные равнины. В низкогорных долинах, лежащих на западе Памира, встречаются широколиственные леса и сады. Среднегорный ярус - царство пустынь и степей, а древесная растительность (ива, тополь, осина, реже береза) развита в нем только по долинам рек. Горная степь из-за низких температур сменяется высокогорными пустынями.